À propos de Simon
Bonjour, je suis doctorant en bioinformatique travaillant sur la charactérisation de types cellulaires chez l'humain. J'effectue des analyses transcriptomiques principalement (scRNAseq et RNAseq).
En dehors de mon activité professionnelle, je créé de petits jeux à l 'aide de Godot 4 (2D) je débute encore et j'ai créé un site de location de jeux de société, où tout le côté back-end est réalisé en Django et le front-end est en cours de réalisation (CSS + React).
Français
Bilingue ou natif
En télétravail uniquement
Travaille majoritairement à distance
Expériences
- CRTI UMR 1064 NantesPhD student in Bioinformatics : "Transcriptomic modeling of human peri-implantation development"octobre 2021 - Aujourd'hui (4 ans et 8 mois)Nantes, FranceTranscriptomic modeling of human peri-implantation development :- FASTQ alignement with Kallisto.- Quality Control.- Batch-effect correction using Mutual Nearest Neighbors.- UMAP visualisations.- Leiden clustering on cells.- Pseudotime with Monocle3 and Slingshot.- Plot heatmap using ComplexHeatmap R package.- Seek markers of clusters with WGCNA, SCENIC and TradeSeq.- Modules preservation with WGCNA and GWENA.- Web application to show previous results interactively using DASH.
- CHU de Nantes : Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie (CRTI)Bioinformatic internship Master 2mars 2021 - octobre 2021 (7 mois)Nantes, FranceTranscriptomic modeling of human peri-implantation development :- FASTQ alignement with Kallisto.- Quality Control.- Batch-effect correction using Mutual Nearest Neighbors.- UMAP visualisations.- Leiden clustering on cells.- Pseudotime with Monocle3.- Plot heatmap using ComplexHeatmap R package.- Seek markers of clusters with WGCNA.
- Københavns Universitet - University of CopenhagenAlzheimer's MRI image biohackathonnovembre 2020 - novembre 2020Participation to Alzheimer's MRI image" biohackathon by creating Convolutional Neural Network to classify MRI with or without Alzheimer from synthetic or real data.
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