À propos de Mariano
Docteur en Sciences Biologiques avec plus de 8 ans d’expérience en bioinformatique, spécialisé dans l’analyse de données omiques, la génomique microbienne et le développement de pipelines reproductibles.
J’accompagne entreprises biotech, laboratoires et projets R&D dans l’analyse et l’interprétation de données de séquençage, ainsi que dans l’automatisation de workflows bioinformatiques.
Compétences principales
Analyse génomique, transcriptomique et métagénomique
Assemblage et annotation de génomes
Analyse de données long reads (Nanopore/PacBio)
Comparative genomics et phylogénomique
Développement de pipelines reproductibles
Analyse de données RNA-seq
Visualisation et reporting automatisé (R, Quarto, Shiny)
Développement d’outils bioinformatiques personnalisés
Linux, Docker et environnements HPC
Technologies
R • Bash • Linux • Docker • Git • Nextflow • Quarto • NGS • ONT
Je peux intervenir aussi bien sur des missions ponctuelles que sur des collaborations de long terme, de l’analyse exploratoire jusqu’à la mise en production de pipelines bioinformatiques.
Espagnol
Bilingue ou natif
Anglais
Capacité professionnelle complète
Français
Capacité professionnelle limitée
Accepte de travailler sur site
Toulouse (jusqu’à 50 km)
Expériences
- TAXON Bioinformatic Solutions.Co-fondateurjanvier 2022 - Aujourd'hui (4 ans et 5 mois)● Conception et développement de pipelines d'analyse omique (RNA-seq, métagénomique, annotation génomique) en R, Bash et Nextflow● Intégration et analyse de jeux de données multi-omiques● Développement d'outils de visualisation et de rapports reproductibles (R/Shiny, Quarto)● Structuration des données et mise en place de workflows reproductibles suivant les principes FAIR● Collaboration avec des partenaires académiques et industriels pour l'interprétation biologique des résultats
- CONICET / CEFOBIIngénieur bioinformaticienBIOTECHNOLOGIESjanvier 2019 - janvier 2024 (5 ans)Argentina● Analyse de données omiques (RNA-seq, métagénomique) : contrôle qualité, traitement et interprétation● Analyses statistiques sous R : normalisation, tests statistiques, analyses différentielles (DESeq2, EdgeR)● Intégration de données multi-omiques issues de différents projets● Développement de pipelines reproductibles et automatisés● Gestion et structuration de données complexes (métadonnées, versioning, traçabilité)● Collaboration étroite avec des équipes expérimentales (biologie moléculaire, microbiologie)
- Université Nationale de RosarioChargé d'enseignement – BioinformatiqueEDUCATION & E-LEARNINGjanvier 2019 - janvier 2024 (5 ans)Rosario, Argentine● Enseignement de la programmation en R et de l'analyse de données omiques● Formation d'étudiants de licence et masterEncadrement d'étudiants :● Étudiants de licence/master en biotechnologie
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Formations
- Docteur en sciences biologiquesUniversité Nationale de Rosario2024Analyses comparatives et phylogénomiques pour l’étude de la diversité fonctionnelle Développement d’approches bioinformatiques pour l’analyse de génomes et de données omiques
- Master en BiotechnologieUniversité Nationale de Rosario (UNR)2016