Bienvenue sur le profil Malt de Bastien !
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Bastien en quelques mots
Data analyst expert R et en Bash (3 ans d'expérience)
(english below)
Je vous propose de mettre à disposition l'expérience que j'ai acquise afin de vous conseiller et mettre en place des traitements de données automatisés et reproductible. Que ce soit partir de zéro ou optimiser des scripts, je suis là pour vous aider à chaque étape. Je suis perfectionniste aussi bien dans ma manière de coder que dans la satisfaction de vos objectifs.
A la fois data scientist freelance et doctorant en ecologie/bioinformatique j'ai acquéri les compétences nécessaires au traitement des données sous toutes ses formes des petites données aux big data. Mes compétences en R et en bash me permette une grande polyvalence de traitement des données. Je peux nettoyer, reformater, analyser et réaliser des visualisations vous permettant d'en extraire toute l'information.
Je saurais m'adapter à vos besoins, n'hésitez pas à me contacter pour me poser des questions.
Mes compétences et quelques exemples d'utilisation :
ENGLISH:
Data scientist expert in R and Bash
My experience allows me to handle any type of data, even big and complex datasets. I can perform statistical analysis and produce reports and any type of chart. If you don't know how to pull information or interpretation from a dataset, then I can do it.
Feel free to contact me for any details
(english below)
Je vous propose de mettre à disposition l'expérience que j'ai acquise afin de vous conseiller et mettre en place des traitements de données automatisés et reproductible. Que ce soit partir de zéro ou optimiser des scripts, je suis là pour vous aider à chaque étape. Je suis perfectionniste aussi bien dans ma manière de coder que dans la satisfaction de vos objectifs.
A la fois data scientist freelance et doctorant en ecologie/bioinformatique j'ai acquéri les compétences nécessaires au traitement des données sous toutes ses formes des petites données aux big data. Mes compétences en R et en bash me permette une grande polyvalence de traitement des données. Je peux nettoyer, reformater, analyser et réaliser des visualisations vous permettant d'en extraire toute l'information.
Je saurais m'adapter à vos besoins, n'hésitez pas à me contacter pour me poser des questions.
Mes compétences et quelques exemples d'utilisation :
- Programmation en R : Traitement de données, analyse, statistique, machine learning et production de graphiques versatiles et personnalisables de qualité
- Programmation en Bash : Traitement de données et manipulation de fichier en grand nombre ou de big data
- Statistique : Analyse de données approfondie
- Shiny : Création de mini programme contenant une interface user (UI) permettant de déployer les scripts R. Une plus grande simplicité d'utilisation et une intéractivité is grande
- Bioinformatique : génomique, biologie moléculaire, phylogénie
- PhP: Data scraping
- Enseignement : Productions de cours et formation
ENGLISH:
Data scientist expert in R and Bash
My experience allows me to handle any type of data, even big and complex datasets. I can perform statistical analysis and produce reports and any type of chart. If you don't know how to pull information or interpretation from a dataset, then I can do it.
Feel free to contact me for any details
Portfolio
Expériences
upwork
Sport
Optimisation et amélioration de script R pour des simulations de Monte Carlo de notation de joueur de basebal - En tant que freelance
J'ai amélioré un script de simulation de notation de matchs de sport de baseball, le rendant 60% plus rapide et plus adapté à des variations de jeux de données initiales.
L'idée de ces simulations était de tester si le système de notation par classement de 3 joueur était performant pour donner souvent le même résultat
L'idée de ces simulations était de tester si le système de notation par classement de 3 joueur était performant pour donner souvent le même résultat
Upwork
Environnement
Gestion de base de données d'oiseaux et analyse statistique - En tant que freelance
Une équipe de recherche a fait appel à moi afin de reprendre un script R qui traitait les données d'une année et de le rendre compatible avec les bases de données des années précèdentes.
Tout cela dans le but de pouvoir observer une dynamique temporelle de l'effet d'un traitement sur les oiseaux mesurés.
Refonte et vérification de l'analyse statistique afin de prendre en compte l'effet annuel
Tout cela dans le but de pouvoir observer une dynamique temporelle de l'effet d'un traitement sur les oiseaux mesurés.
Refonte et vérification de l'analyse statistique afin de prendre en compte l'effet annuel
Ditesco
Education & e-learning
Conception d'unité pédagogique sur le thème de la dataviz - En tant que freelance
Rédaction d'unité pédagogique (cours) sur le thème de la visualisation de données
Paris-Sud University (Paris XI)
Biotechnologies
PHD Student
Sujet du doctorat : Adaptation parallèles des champignons au fromage Une des questions majeures de biologie évolutive est de déterminer si l'évolution est répétable ou contingente. Les études d'adaptations parallèles (=convergence évolutive), c'est-à-dire d'évènements indépendants d'adaptation à la même niche écologique, sont nécessaires pour déterminer la répétabilité de l'évolution. Les champignons du fromage sont d'excellents modèles pour ce genre d'études car plusieurs espèces ont été sélectionnées par l'Homme pour affiner les fromages. Ces évènements récents d'adaptation ont eu lieu sous forte sélection humaine, et sont donc idéaux pour comprendre les processus d'adaptation. De plus, les champignons sont des modèles eucaryotes avec de nombreux avantages pour des études expérimentales et génomiques. Dans ma thèse, j'étudie plus particulièrement les champignons Geotrichum candidum (sur le Neufchâtel et bien d'autres) et le complexe d'espèces Penicillium camemberti (nom évocateur), pour comprendre l'histoire de leur domestication et les mécanismes d'adaptation, en utilisant des données génomiques, historiques et des expériences au laboratoire. En comparant les résultats obtenus avec les études précédentes sur d'autres champignons du fromage, cela permettra de tester si ces évènements multiples d'adaptation au fromage sont convergents, c'est-à-dire s'ils concernent les mêmes caractères et/ou les mêmes gênes et mécanismes génomiques.
Museum national d'Histoire naturelle
Biotechnologies
Stage de M2 : Niche écologique de la truffe noire et des champignons ectomycorhiziens
Exploration de la niche écologique endophytique de Tuber melanosporum et des champignons ectomycorhiziens La truffe noire (Tuber melanosporum) est bien connu pour sa niche écologique ectomycorhizienne. Pour autant, comme l'a démontré Laure Schneider-Maunoury, celle-ci se trouve aussi en endophyte d'herbacées (non-ectomycorhiziennes). Mon stage a eu pour but de mieux caractériser morphologiquement et moléculairement la présence de la truffe dans ces herbacées. De plus, j'ai pu montrer que la truffe n'est pas la seule espèce ectomycorhizienne pouvant aussi avoir une niche écologique endophyte dans des herbacées. En effet, des signaux moléculaires (barcoding) ont été détectés dans ce type de racines pour d'autres familles de champignons ectomycorhiziens tel que les Thelephorales, Agaricales, Russulales, etc.
University of Wisconsin-Madison
Biotechnologies
Stage de recherche (M1) dans le laboratoire d'Anne Pringle
Etude de la pigmentation chez les basidiomycètes et de la voie de biosynthèse de tyrosine : - Ecologie des toxines et des pigments par analyse bioinformatique. - Identification d'enzyme clé pour la synthèse de tyrosine à partir d'homologue trouvé chez la betterave à sucre
Ecole normale supérieure de Lyon
Biotechnologies
Volontaire pour la Fête de la science - En tant que freelance
Animation d'un stand centré sur l'ADN.
ENS Lyon
Biotechnologies
Travaux pratique : Génétique moléculaire
Etude d'un mutant de protéine musculaire (unc-112) chez C. elegans : -Phénotypage, cribble RNAi, marquage à la phalloïdine, immunohistologie et microscopie confocale. -Localisation de la mutasion par croisement avec des cosmides, mutants par déletion ainsi qu'une analyse de croisement de SNP. Vérification par gel SSCP
ENS Lyon
semaine de Travaux Pratiques : Physiologie
Phisiologie animale : (1 semaine) Etude de souris mutantes ayant des problèmes de neurodégénérescence. -Tests comportementaux, PCR, RT-PCR, immunohistologie, western blot, etc Phisiologie végétale : (1 semaine) Etude d'une A.Thaliana mutante pour un transporteur du fer. -Observation phénotypique du développement sur différents milieux, Dosage du fer par spectroscopie de masse, dosage de l'activité chlorophylienne, western blot, etc
ENS Lyon
Vacation pour la Fête de la Science - En tant que freelance
Accueil, animation et aide à l'organisation de la Fête de la Science le samedi 10 octobre (905 visiteurs).
ENS Lyon
Semaines de Travaux Pratiques octobre 2015
3 semaines de travaux pratiques encadrés autonomes. De larges domaines de la biologie ont été explorés à travers l'exemple de la bêta-galactosidase : - Protéine recombinante et native (expression, purification, caractérisation) ; - Enzymologie ; - Génétique bactérienne ; - Biocellulaire.
INSERM U779
Stage d'immersion en laboratoire
Durée : 2 semaines - Observation et étude de l'oxygénation de l'hémoglobine par HEMOX ; - Technique d'ingénierie des protéines (expression, purification, caractérisation) sur une protéine chaperon de l'alpha-hémoglobine, l'AHSP.
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